در نامه بالا احمد پسر خمینی نوشته است :
” پدر بزرگوار حضرت امام مدظله‏العالى‏
پس از عرض سلام، آيت ‏الله موسوى‏اردبيلى در مورد حكم اخير حضرتعالى درباره منافقين ابهاماتى داشته‏اند كه تلفنى در سه سوال مطرح كردند:
۱- آيا اين حكم مربوط به آنهاست كه در زندانها بوده‏ اند و محاكمه شده ‏اند و محكوم به اعدام گشته ‏اند ولى تغيير موضع نداده‏اند و هنوز هم حكم در مورد آنها اجرا نشده است، يا آنهايى كه حتى محاكمه هم نشده‏اند محكوم به اعدامند؟
۲- آيا منافقين كه محكوم به زندان محدود شده‏ اند و مقدارى از زندانشان را هم كشيده ‏اند ولى بر سرموضع نفاق مى‏باشند محكوم به اعدام مى‏باشند؟
۳- در مورد رسيدگى به وضع منافقين آيا پرونده‏هاى منافقينى كه در شهرستانهائى كه خود استقلال قضائى دارند و تابع مركز استان نيستند بايد به مركز استان ارسال گردد يا خود مى‏توانند مستقلا عمل كنند؟
فرزند شما، احمد “

زير اين نامه خمینی نوشته است:
” بسمه ‏تعالى‏
در تمام موارد فوق هر كس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حكمش اعدام است، سريعا دشمنان اسلام را نابود كنيد، در مورد رسيدگى به وضع پرونده‏ها در هر صورت كه حكم سريعتر انجام گردد همان مورد نظر است.
روح‏الله الموسوى الخمینی”

آیت الله منتظری که از این مکاتبات با خبر میشود برای موسوی اردبیلی ، که درآن زمان رئیس شعبه عالی قضایی بود پیغام میدهد که :
” مگر قاضی های شما اینها را به ۵ یا ۱۰ سال زندان محکوم نکرده اند، مگر شما مسول نبوده اید، آن وقت تلفنی به احمد آقا میگویید که اینها را مثلا در کاشان اعدام کنند یا در اصفهان. شما خودت میرفتی با آنها صحبت میکردی که کسی که مثلا مدتی در زندان است و به ۵ سال زندان محکوم شده و روحش هم از فعالیتهای منافقین خبر دار نبوده چطور ما او را اعدام کنیم. ”

آیت الله منتظرى در آن زمان در نامه معروف خود به خمينى می نویسد :

” آيا ميدانيد كه جناياتى در زندانهاى جمهورى اسلامى بنام اسلام در حال وقوعند كه شبيه آن در رژيم منحوس شاه هرگز ديده نشد؟ آيا ميدانيد كه تعداد زيادى از زندانيها تحت شكنجه توسط بازجويانشان كشته شده اند؟ آيا ميدانيد كه در زندان (شهر) مشهد, حدود ۲۵ دختر بخاطر آنچه بر آنها رفته بود … مجبور به درآوردن تخمدان يا رحم شدند؟ آيا مي دانيد كه در برخى زندانهاى جمهورى اسلامى دختران جوان به زور مورد تجاوز قرار ميگيرند … “

شکنجه ها و رفتارهای وحشیانه ای که بر زندانیان به ویژه بر دختران باکره در آن مقطع اعمال شده است بنا بر گفته بازمانده گان آن دوره غیر قابل انکار است.

متن نامه حاكم شرع دادگاه انقلاب اسلامي خوزستان حجه الاسلام احمدي به خميني در مورد چگونگي اجراي حكم درباره منافقين، مورخه ۲۳/۵/۱۳۶۷

“بسمه تعالي
حضرت آيت الله العظمي امام خميني دامت بركاته
با عرض سلام، در رابطه با حكم اخير حضرتعالي راجع به منافقين گرچه اينجانب كوچكتر از آنم كه در اين باره صحبتي بكنم ولي از جهت كسب رهنمود و من باب وظيفه شرعي و مسئوليت خطيري كه در تشخيص موضوع به عهده مي‎باشد معروض مي‎دارد كه بر سر نفاق بودن يا پافشاري بر موضع منافقين، تفسيرها و تحليلهاي گوناگوني مي‎شود و نظرها و سليقه ها بين افراط و تفريط قرار دارد كه به تفصيل خدمت حاج احمد آقا عرض كردم و از تكرار آن خودداري مي‎شود. من باب مثال در دزفول تعدادي از زندانيان به نامهاي طاهر رنجبر - مصطفي بهزادي - احمد آسخ و محمدرضا آشوع با اينكه منافقين را محكوم مي‎كردند و حاضر به هر نوع مصاحبه و افشاگري در راديو و تلويزيون و ويدئو و يا اعلام موضع در جمع زندانيان بودند، نماينده اطلاعات از آنها سئوال كرد شما كه جمهوري اسلامي را بر حق و منافقين را بر باطل مي‎دانيد حاضريد همين الان به نفع جمهوري اسلامي در جبهه و جنگ و گلوگاهها و غيره شركت كنيد، بعضي اظهار ترديد و بعضي نفي كردند، نماينده اطلاعات گفت اينها سر موضع هستند چون حاضر نيستند كه در راه نظام حق بجنگند. به ايشان گفتم پس اكثريت مردم ايران كه حاضر نيستند به جبهه بروند منافقند؟ جواب داد حساب اينها با مردم عادي فرق مي‎كند و در هر صورت با راي اكثريت نامبردگان محكوم شدند فقط فرد اخير در مسير اجراي حكم فرار كرد. لذا خواهشمند است در صورت مصلحت ملاك و معياري براي اين امر مشخص فرماييد تا مسئولين اجرا دچار اشتباه و افراط و تفريط نشوند.
حاكم شرع دادگاه انقلاب اسلامي خوزستان - محمد حسين احمدي

رونوشت : حضرت آيت الله العظمي آقاي منتظري مدظله “

آیت الله منتظری نامه ایی دیگر به خمینی مینویسد و در آن گفته های حاکم شرع یکی از استانهای کشور را نقل می کند :

” سه روز قبل قاضی شرع یکی از استانهای کشور که مرد مورد اعتمادی میباشد با ناراحتی از نحوه اجرای فرمان حضرت عالی به قم امده بود. میگفت مسئول اطلاعات یا دادستان ( تردید از من است) از یکی از زندانیان برای تشخیص این که سر موضع است یا نه پرسید، تو حاضری سازمان منافقین را محکوم کنی؟ ، گفت آری، پرسید حاضری مصاحبه کنی؟ ، گفت آری، پرسید حاضری برای جنگ عراق به جبهه بروی؟ ، گفت آری، پرسید حاضری روی مین بروی؟ ، گفت مگر همه مردان حاضرند روی مین بروند، وانگهی از من تازه مسلمان نباید این همه انتظار داشت. گفت معلوم میشود تو هنوز سر موضعی، و با او معامله سر موضع انجام داد، و این قاضی شرع میگفت من هر چه اصرار کردم تصمیمات به اتفاق آرا باشد و اکثریت پذیرفته نشد، و نقش اساسی را همه جا مسئول اطلاعات دارد و دیگران عملا تحت تاثیر میباشند… . “

آیت الله منتظری با نیری - قاضی شرع اوین ، اشراقی - دادستان و پور محمدی نماینده وزارت اطلاعات صحبت میکند و به آنها میگوید:

” گفتن الان محرم است حداقل در محرم از اعدامها دست نگه دارید. آقای نیری گفت ما تا الان ۷۵۰ نفر را در تهران اعدام کرده ایم ، ۲۰۰ نفر را هم به عنوان سر موضع از بقیه جدا کرده ایم کلک اینها را هم بکنیم بعد هر چه بفرمائید. ”

احمد منتظری پسر آیت الله منتظری در آذر ماه سال ۸۴ در پی انتشار بیانیه سازمان دیده بان حقوق بشر در مورد نقش مصطفی پورمحمدی در اعدامهای سال ۶۷ در گفتگو با بخش فارسی رادیوB.B.C ، درستی این مکاتبات را تائید کرد.